三清山地质公园以其丰富多样的地质遗迹与独特的地球遗产价值而著称。在美学与科学层面，公园内拥有由具有突出和普遍价值的地质构造与生物结构共同塑造的壮丽自然景观；在科学和保护层面，这里保存了具有重要地质与自然地理意义的构造单元，以及保存有珍稀濒危物种的栖息地；同时，在科学、保护与美学等多重维度中，三清山展现出极具代表性的自然景观与自然地带。

作为地球演化历史中关键阶段的杰出例证，三清山地质遗迹记录了持续进行的地质过程、地貌演变、生物演化及人与自然的和谐互动。公园内不仅存在独特、稀有或奇妙的自然现象与地貌景观，还保存有珍稀或濒危物种的栖息地，呈现出罕见的自然美学价值。这些珍贵的地质遗产赋予三清山在科学、教育和美学等领域独特而重要的全球意义，使其成为地球科学研究、自然探索与科普教育的重要基地。

三清山位于扬子板块与华夏板块的接合带，地层发育完整，自中元古代至第四纪均有出露，系统记录了该区域十亿年来的地质演化历程与重大地质事件。对该地区沉积地层的研究，对于揭示扬子与华夏两大板块结合带的形成与演化具有关键科学价值，也是当前中国地质学界的研究热点之一。

自寒武纪以来，三清山地区各时代地层中保存了丰富的古生物化石，演化序列清晰可辨。早古生代以三叶虫、笔石和腕足类为主；晚古生代以蜓类、腕足类、珊瑚和植物化石为主；中生代则以双壳类、植物、叶肢介及恐龙化石为代表。晚白垩世时期，三清山所在的信江盆地曾是恐龙的栖息地，遗留有大量恐龙蛋及少量骨骼化石，这些发现对研究华南地区的生物演化、古地理环境变迁、古气候与古生态演变具有重要科学意义。