构造

公园处于中国华南地区扬子古板块与华夏古板块结合带，怀玉地体西北缘，钦杭古板块缝合带东南侧。中生代以来位处欧亚板块东南部、西太平洋大陆边缘活动带。先后经历了加里东和印支―海西两次造山运动、中生代以来块段升降断裂构造为主的燕山运动和喜马拉雅运动，地质构造较复杂。

　　（i）褶皱构造

　　公园位处赣东北怀玉山复式背斜的核部地段，岩层的多级褶皱构造发育，主要的宏观褶皱有：

黄土岭复式背斜：位于公园北西部的黄土岭一带，属于区域上的黄土岭―开化复式背斜的一部份，其轴线走向北东，褶皱向北东倾伏、向南西撒开，区内延长约15km。轴面近直立，两翼产状比较紊乱，北西翼产状较陡，为30°-350°∠30°-75°，南东翼产状较缓，为120°-150°∠30°-60°。核部地层为南华纪地层，翼部地层由震旦纪―奥陶纪地层组成。南翼出露较广泛，常形成一些次级背向斜构造。

　　华眉山向斜：分布于公园的北东部，其轴线走向北东―南西向，其南西端扬起于怀玉山岩体旁侧，北东端经源头向区域上延伸，轴线走向67°，北西翼略陡，倾角40°-60°，南东翼较缓，倾角30°-50°。核部地层为早奥陶世印渚埠组，翼部由晚寒武世地层组成。

公园内的次级褶皱现象丰富多样，尤其在下古生界和新元古界岩层中常见，在露头尺度和标本尺度均可见及，而且形态各异、大小不一，造型奇特，具有较高科普教育和旅游观赏价值。

　　（ii）断裂构造

区内断裂构造非常发育（见下表），断裂方向主要为北东向，其次为北北东向、北西向。从形成时间上来看，北东向断裂最早形成，其次为北北东向，而北西向断裂带最晚形成。主要断裂构造有正断层、逆断层等。其中枫林―紫湖断裂带、小坑―芭蕉坞断层、鹅公岭―下西坑断层，均以正断层性质为主，它们三者把三清山切割后，使三清山主体部分形成典型的“三角形断块山”，它们的倾角为50°-80°，相对“三角形断块山”而言，其倾向均向外倾，即“三角形断块山”内的岩石或地层为上升盘，以外的为下降盘。燕山晚期岩浆经过上侵→冷凝→结晶形成花岗岩后，在距今二三千万年之前的年代里，相继发生了喜马拉雅造山运动，即新构造运动，山岳大幅度抬升。三清山地区在造山运动中也得到了大幅度整体抬升。在三清山地区整体抬升的同时，先前形成的断裂再次强烈活动，特别是枫林―紫湖断裂带、小坑―芭蕉坞断层、鹅公岭―下西坑断层三者显得更加活跃，在强烈活动中，它们把以玉京峰为中心的“三角形断块山”再一次大幅度抬升，形成了以玉京峰为最高峰的地貌格局。

（iii）节理

　　常见于各类地质体，尤其在公园中区域的花岗岩体中最为典型，主要发育两组方向的垂直节理，其一为北东―北北东走向，其二为北西走向，二者构成棋盘格式的组合方式，节理构造的形迹在大多数的花岗岩峰林景观中均可见及。前者自南西往北东，整体走向具有由收敛―撒开的趋势，在宏观上形成似帚状产出，发育规模较大，在空间上往往呈带状展布，是控制西部峰墙（西海重墙、九天锦屏等）和南部峡谷（福寿门、一线天等）的主要构造；后者总体走向北西向，往南东部略转向近南北，其规模自北往南逐渐加大，且呈条带状产出，是控制中部花岗岩峰柱、南东部峰墙及部分峡谷的主要构造。另外，园区内还发育一组近水平节理，是造型石景的主控构造，即峰墙、峰柱等景观经水平节理切割和风化剥蚀冲刷作用，形成各种造型独特的景观。